根據典型的臨床表現、發病部位、發病經過及接觸史等，一般不難診斷菜花﹔但此病在國內外越來越多，尤其有些疣體經過各種方法處理后變得復雜化，有的病人精神緊張，求醫心切，故造成誤診者也是不少見，實在需要認真對待，但也不能草木皆兵而造成誤診。菜花應與下列疾病相鑒別。

1 、珍珠狀陰莖丘疹
珍珠狀陰莖丘疹（ Pearly penile papules ）亦稱陰莖多毛樣乳頭瘤 （ Hirsutoid papilloma of the penis ） , 多毛陰莖（ Hairy penis ）是青年和成年男性的一種常見病。
本病主要是環繞陰莖龜頭冠狀溝的成串珠樣小珍珠狀丘疹，直徑 1~2mm ，圓頂，表面光滑或呈毛發樣，規則地排列成線條狀、一條或多條不等，可單一小丘疹發生，也可在冠狀溝上呈半圈或一圈，但不相融合，呈肉色、白色、淡紅甚至紅色，也有環繞龜頭、包皮生長者。患者無任何自覺症狀，也不影響功能。病理特點由致密結綈組織包饒的一團丰富的血管網，外圍有中度淋巴細胞包潤，表皮頂部變薄，周邊棘層肥厚。一般經詳細了解病史，結合臨床特點及患病部位不難診斷，無需作特殊治療。

2 、假性女陰濕疣
假性女陰濕疣（ Pseudocondyloma of vuivae ）又稱多毛狀小陰唇（ Hairy nymphae ）、女陰乳頭狀多毛症（ Hirsutiespapillaris vulae ）。是與男性珍珠狀陰莖丘疹同屬異常化生。但發病機制尚不清楚，有人認為與念珠菌感染有關，也有可能與性交等機械摩擦、刺激有關。
臨床上，典型的皮疹主要是 1~2mm 小丘疹，表面光滑，群集分布，宛如魚卵，呈粘膜色或淡白色和淡紅色，也有部分呈息肉狀，觸之有顆粒樣感，常見于小陰唇內側、陰道前庭，也見于尿道口和陰道口周圍。有不同程度的瘙痒感。

3 、福代斯氏病
福代斯氏病（ Fordyce disease ）又名口腔粘膜皮脂腺異型病，是皮脂腺異位而形成無主觀症狀的一種常見的慢性皮脂腺性疾病。它是由于皮脂腺發育的生理性變型及增殖所致。原因不明，可能是和內分泌因素有關，另外，局部刺激和創傷也可使皮脂腺增生。
損害為針頭大小、孤立的淡黃色或淡白色的球形隆起或扁平丘疹，往往表面有薄的粘膜。數目不一，可單個發生，可稀疏分布，亦可密集成片或融合成 1.0cm 大小的斑片。患者無任何自覺症狀。根據臨床特點及詳細了解病程，一般不難診斷。若有可疑可作活檢，組織學上，每個丘疹就是一組小的、成熟的皮脂腺小葉，小葉包繞著皮脂腺導管，后者自腺體中央一直伸向粘膜的表面，無銳濕疣的組織變化，故易區別。

4 、扁平濕疣
扁平濕疣（ Condyloma flant ）為二期梅毒疹，發生于生殖器和肛門等處。一般有三種，即單純性、潰瘍性和肥大性，起初損害為集蔟性紅色柔軟、扁平的丘疹。由于某些刺激后，扁平丘疹可呈灰褐色。有時類似疣體呈扁平斑塊狀的菜花可融合成斑片狀，無蒂，呈扁平匐進性擴展（單純性）。也可增殖融合成肥厚性斑快，高低不平，觸之堅實，比較平滑（肥厚性）。可因局部潮濕、摩擦等使表面有分泌物、糜爛，甚至形成潰瘍（潰瘍性）。這種發生在皮膚粘膜的特殊類型的二期梅毒診，需與菜花鑒別，但扁平菜花皮疹內發現大量梅毒螺旋體，傳染性較大。 USR 、 VDRL 、 TPL 等化驗陽性，而菜花陰性。臨床上有時壓緊的菜花團快類似扁平濕疣，用棉簽將其撥開即可見明顯分開的乳頭狀疣體，仔細觀察即可區別。

5 、陰囊血管角皮瘤
陰囊血管角皮瘤（ Angiokeratoma of the scrotum ）又名福代斯氏血管角皮瘤。本病主要發生于陰囊，有時見于陰莖或龜頭，偶見于陰唇。損害初起為針頭大丘疹，常隨時間的延長而增多、擴大，呈暗紅或紫紅色，早期質軟，表皮光滑，散在分布或沿線表靜脈或陰囊皮紋排列成線狀，時間一久，表面可出現角化性鱗屑，質硬并呈疣狀改變。一般無自覺症狀，擦傷后易出血，以往多報告常發生于中老年人，但近年來發現青年人也多見，且誤診為菜花者為數不少。因此須與后者鑒別。其特點是損害散發孤立，大小較均勻，沿淺表靜脈或皮紋排列成線狀。結合病史，尤其性接觸傳染史等，一般不難診斷。

6 、粘液囊腫
粘液囊腫（ Mucous cyst ）一般認為是成纖維細胞產生過多的透明質酸所引起。損害一般為 0.3~2.0cm 大的半球狀囊腫結節，質柔軟或橡皮狀韌度。大多呈膚色，表面光滑，半透明狀，一般單個，但有多發者。尤其發生于生殖器、龜頭、尿道口等處的損害者，常自認為性病而就診，青年男女多見，當結節表面呈疣體增殖時，應注意與菜花鑒別。根據皮疹為半球狀結節、表面光滑、半透明、囊性感、不易出血，一般較易區別。若確診有困難，可用針穿刺結節，觀察有無透明粘液流出。必要時活檢確診。

7 、疣狀痣
疣狀痣（ Verrucous nevus ）也稱表皮痣、線狀表皮痣等，一般在初生時或幼兒期發病，但也有 10~20 歲才出現，男女均可發病。
通常表現為淡黃色至棕黑色疣體損害。其大小、形態及分布各有不同，大多呈乳頭狀隆起，排列成帶狀或線狀或斑片狀，全身各處均可發生，發生在男女生殖器和肛門及其周圍的，此時，往往容易誤診為菜花。
鑒別要點，疣狀痣常單側發生，排列成線狀，質較硬，損害表面較干淨，不易出血。一些特殊部位外，他處也往往有同樣皮疹。病史較長，外用藥物療效差。病理改變表皮呈不同程度的增生，主要是角化過度、乳頭瘤樣增生以及棘層肥厚，基底層黑色素增多，無菜花的空泡化細胞，病理鑒別較容易。

8 、疣狀皮膚結核
發生肛周、外生殖器的疣狀皮膚結核（ Tuberculosis verrucosa cutis ），由于各種原因未能及時診治，原有暗紅色硬性結節已擴展成邊界清楚的斑塊，肥厚增生呈乳頭狀，此時要注意與菜花相鑒別。疣狀皮膚結核是有較強免疫力的人遭受毒力較強的外源性結核杆菌感染所致，一般損害有三個帶，最外層為泡潤帶（四周紅暈），中間為疣狀帶（疣狀邊緣），內層為畏縮帶（中央網狀疤痕）。由于結核杆菌感染后常導致干酪樣壞死，所以從疣狀間隙中有少量膿汁滲出。干燥后結痂，顯示表面粗糙不平。病情進展緩慢。結合病史及臨床表現，可找到結核杆菌，常可鑒別。必要時可作活檢。兩病病理變化個具特征，完全可以區分。

9 、脂溢性角化病
脂溢性角化病 (Seborrhoeic keratosis) 又稱老年疣、脂溢性或基底細胞乳頭瘤（ Basal cell papilloma ） , 是一種良性表皮腫瘤，大多見于老年人，亦見于年輕人，但一般 30 歲以后發生。起初為小而扁平、境界清楚的丘疹、斑疹。表面光滑或略呈乳頭瘤狀，其后逐漸擴大、增高、色素加深，呈棕褐色、污穢色或褐黑色，呈乳頭瘤狀或疣狀，一般多見于頭、面部、軀干、上肢。發生于外生殖器、肛門等部位者，應注意與菜花鑒別。
老年疣皮疹往往有結痂，表面常呈油脂狀，緩慢生長，逐漸擴大，境界清楚，相對較平滑，可作活檢，老年疣與菜花病理變化完全不同，可以鑒別，發白試驗陰性，但病理變化為典型的菜花。色素可深可淺。有些菜花一看似老年疣，發白試驗后卻是典型陽性。有些類似老年疣的菜花發白試驗呈假陰性，但經活檢及有關化驗証實卻為菜花。這種情況尤其發生在年長者。

10 、肛門生殖器癌
由于菜花的明顯增多，疣體大面各種各樣，有時易與肛門、生殖器癌 (Genital carcinoma) 相混淆，近年來臨床上把鱗狀細胞癌誤疹為菜花，而用鐳射、冷凍或化學剝脫治療者時有所見，相反者也時有出現，因為這種誤疹對病人危害極大，應引起高度重視，萬萬不可粗心大意。發生于肛門的菜花不少見，但肛門鱗狀細胞癌也很多。典型的鱗癌和菜花一般較易區別，但有時在臨床上需注意仔細鑒別，有時陰莖龜頭部的損害不能只看損害的大小、表面顏色或奇性怪狀就能確診為鱗癌。同樣道理，女性外陰部的疣體或乳頭瘤樣增生損害或花樣損害，也都要認真進行鑒別。