典型的菜花診斷不難，但非典型的診斷有時是不容易的，需要進行各種實驗室的輔助檢查進行確診，目前研究的方法很多，各有優缺點，敘友誼是根據病人的情況及當地實驗室的條件進行選擇應用。

1 、 組織病理學檢查
菜花的組織病理學變化主要在表皮，真皮也有相應的改變，包括角化過度，角化不全，棘層肥厚，表皮突延長，增寬或分支，形成乳頭瘤樣或假上皮瘤增生，真皮血管擴張，管周有不同程度的慢性炎性細胞浸潤，特征性的變化是顆粒層和棘層中上部出現空泡化細胞。典型的空泡細胞體積較大，有一大而圓或皺縮的深嗜鹼性胞核，可有輕度不規則的改變，合奏可見淡染的空泡化區。

2 、 透視電鏡檢查
病變處角元細胞體積增大、核肥大，電鏡下空泡化細胞最常見的病變是核內染色質凝集并周邊化，核內出現多量染色質之間顆粒及染色質周圍顆粒，易見到核小體。有的顆粒呈晶格狀排列，有的則散發于核內，關鍵在于証實有 HPV 顆粒，但陽性率性。

3 、 免疫組化檢查法
此法主要是用抗體（大多為 HPV 免疫動物后產生的多克隆抗體）檢查 HPV 抗原，所用方法有 PAP 法、 ABC 法、 PAAP 法等，當前前兩者較常用，經過組織切片、染色等一系列處理后，在空泡化細胞核內見到棕褐色顆粒狀沉著為陽性，對診斷有意義，但陽性率不高，一般在 40%─60% 之間。

4 、 其他抗原檢測性
有 Southern 分子雜交法、 DNA 探針原位雜交法、 RNA 探針原位雜交法等等，雖然對菜花的診斷、 HPV 分型研究等各有各的作用，但是方法復雜，要求條件高，費用昂貴，不易推廣，更不易用于廣大基層。

5 、 聚合鏈反應（ Polymerase Chain Reaction, PCR ）
這是一種快速、敏感和較特異的檢查方法，對菜花的診治，尤其是對亞臨床型和潛伏型病人的診治有一定的幫助。但由于各種原因，尤其在國內開展過程中其特異性逐漸降低，因而只供臨床參考。

6 、 醋酸白試驗
ヾ 發白（醋酸白）試驗。因其是將 3%─5% 醋酸液涂抹或敷貼在可疑的受損皮膚上而使有菜花的疣體發白，故稱為醋酸白試驗。一般用棉拭子涂于局部，用棉球或紗布（先用 5% 醋酸液浸透）覆蓋局部，根據不同的部位 1─15 分鐘不等，用肉眼或借助放大鏡觀察局部發白為陽性。發白的機制尚未明了，可能是 HPV 感染上皮的不正常細胞而使蛋白凝固的結果，也可能由于 HPV 感染的上皮與正常的未感染上皮的角蛋白不同，只有 HPV 感染了的上皮角蛋白才能被醋酸發白。但無論如何，在臨床實踐中發白試驗不但對診斷菜花有意義，而且對指導治療也有很大的價值。但發白試驗也有假陽性或假陰性，故應結合臨床表現和其他檢查結果綜合分析和運用。